园艺论文_尾叶紫薇全长转录组测序及微卫星标 - 世界复合医学杂志社投稿

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园艺论文_尾叶紫薇全长转录组测序及微卫星标

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文章摘要:【目的】尾叶紫薇是培育香花紫薇的重要种质资源，目前花香功能基因的研究及已开发的SSR分子标记较少，无法满足分子育种研究需求。【方法】本研究采用PacBio sequel平台对尾叶紫薇三个开花时期混样进行全长转录组测序，通过公共数据库对Unigene进行功能注释，利用MISA软件检索全长转录组的SSR位点，Primer3批量设计SSR引物并检测。【结果】测序获得39 087条非冗余、高质量全长转录本，平均长度为2 109 bp，N50长度为2 427 bp，长度主要分布在500 ～ 4 000 bp。有38 559条序列（98.64%）获得功能注释，功能主要集中于细胞进程及代谢进程。其中参与花香相关萜类物质合成的有56个，参与脂肪酸衍生物合成的有922个。获得的16 425个SSR位点分布在12 060条序列中，平均每5.02 kb出现1个SSR序列，3 141条序列含有多个SSR位点。SSR位点主要重复类型是二核苷酸和三核苷酸，分别占所有SSR位点的41.95%和31.58%，重复基序类型有96种，AG/CT重复类型的出现频率最高。SSR的重复次数以5～15次为主，长度为10～86 bp，平均为16.84 bp。随机选取52对SSR引物进行PCR检测，有40对引物能产生与单一、清晰的条带，有效扩增率为76.92%。【结论】本研究获得了与花香物质合成相关基因序列和大量有效SSR标记，将为深入了解尾叶紫薇花香物质合成与代谢、紫薇属植物种质资源评价与保护、分子标记辅助育种等研究奠定基础。

文章关键词:尾叶紫薇,全长转录组,分子标记,SSR,

项目基金:“十三五”国家重点研发计划项目（2019YFD1001000）,国家自然科学基金青年科学基金项目（31500574）,《世界复合医学》网址: http://www.sjfhyx.cn/qikandaodu/2021/0902/1726.html